计划提出水治理目标，到2020年，全国水环境质量得到阶段性改善，污染严重水体较大幅度减少，饮用水安全保障水平持续提升，地下水超采得到严格控制，地下水污染加剧趋势得到初步遏制，近岸海域环境质量稳中趋好，京津冀、长三角、珠三角等区域水生态环境状况有所好转。到2030年，力争全国水环境质量总体改善，水生态系统功能初步恢复。到本世纪中叶，生态环境质量全面改善，生态系统实现良性循环。
计划也进一步明确了主要指标，到2020年，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河、辽河等七大重点流域水质优良(达到或优于Ⅲ类)比例总体达到70%以上，地级及以上城市建成区黑臭水体均控制在10%以内，地级及以上城市集中式饮用水水源水质达到或优于Ⅲ类比例总体高于93%，全国地下水质量极差的比例控制在15%左右，近岸海域水质优良(一、二类)比例达到70%左右。京津冀区域丧失使用功能(劣于V类)的水体断面比例下降15个百分点左右，长三角、珠三角区域力争消除丧失使用功能的水体。到2030年，全国七大重点流域水质优良比例总体达到75%以上，城市建成区黑臭水体总体得到消除，城市集中式饮用水水源水质达到或优于Ⅲ类比例总体为95%左右。
计划强调全面控制污染源，专项整治十大重点行业。制定造纸、焦化、氮肥、有色金属、印染、农副食品加工、原料药制造、制革、农药、电镀等行业专项治理方案，实施清洁化改造。新建、改建、扩建上述行业建设项目实行主要污染物排放等量或减量置换。其中还重点提到了城镇生活污染治理，指出建成区水体水质达不到地表水Ⅳ类标准的城市，新建城镇污水处理设施要执行一级A排放标准。按照国家新型城镇化规划要求，到2020年，全国所有县城和重点镇具备污水收集处理能力，县城、城市污水处理率分别达到85%、95%左右。京津冀、长三角、珠三角等区域提前一年完成，同时表示全面加强管网建设。
计划还强调了节约保护水资源，主要从控制用水总量和提高用水效率两方面着手。到2020年，全国用水总量控制在6700亿立方米以内，全国万元国内生产总值用水量、万元工业增加值用水量比2013年分别下降35%、30%以上。同时要抓好工业节水、城镇节水和农业节水。
国泰君安分析师表示，《水污染防治行动计划》出台，水处理行业将迎来黄金发展期:水污染治理已成地方环保治理的重头戏，预计总投资达2万亿，水处理行业将迎来大发展期。A股中水处理概念股桑德环境、雪迪龙、万邦达、中电环保、聚光科技、首创股份、武汉控股等，后期值得重点关注。
