《环保税法》全文5章、28条，分别为总则、计税依据和应纳税额、税收减免、征收管理、附则。
全国人大常委会法制工作委员会经济法室副主任王清表示，制定环境保护税法的重要原则是实现收费与征税制度的平稳转换，根据现行排污费项目设置税目，将现行排污费征收标准作为环保税的税额下限。还要给地方一些授权规定，根据环境治理的需要，在授权范围之内确定具体的税额，环境保护税和其它税收不一样，企业履行环保责任，减少污染物排放了，就可以少缴税。
排污费和环保税不同点主要是：增加了企业减排的税收减免档次。
现行排污费制度只规定了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于规定标准百分之五十的，减半征收环境保护税。立法过程中有意见提出，应当根据减排的幅度确立更多档次的税收减免。为鼓励企业减少污染物排放，参考实践中一些地的做法，环境保护税法增设了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于规定标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环境保护税。
现行的排污费实行中央和地方1：9分成，环境保护费改税后，考虑到地方政府承担主要污染治理责任，为了调动地方的积极性，拟将环境保护税全部作为地方收入，中央就不再参与分成了。
按照预算法规定，税收收入应该纳入一般的公共预算管理，统筹用于保障和改善民生，推动经济社会发展，维护国家安全等方面，一般不与支出挂钩。虽然环境保护税不采取专款专用的方式，但是不会降低污染防治和环境保护方面的投入力度。原来由排污费安排的支出纳入同级财政预算，按照力度不减的原则予以充分保障。
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