环保署3月宣布卫生纸丢马桶政策，各地都担心马桶堵塞，秦慧珠今指出，台北市公厕下水道接管率74％为全台之冠，有些县市不到3成，但调查台北公厕运作情形，发现卫生纸丢马桶比例仅占58.4％，其余4成多单位难以配合。
另外，台北市校园下水道接管率虽高达93.2％，不过只有27.8％的学校敢全面实施卫生纸丢马桶，最大的困难就是管线设备老旧。秦慧珠说，其中27所学校实施前就有堵塞情形，每次请水电工处理就要1500元，加上管线旧、管路小等问题，不少学校希望将管线更新后再实施，对于新政策贸然上路感到害怕。
秦慧珠表示，忠孝国中日前选了2间女厕试办，却发现堵塞情形严重，打算停办。环保署宣导卫生纸可丢、面纸不能丢马桶，但许多学童根本分不清楚，未来造成堵塞问题，各单位只能自己吸收成本，全台有上万间公厕，改造管线经费可观，环保署抛出新政，却未考虑基层执行状况，上路后注定失败。
对此，台北市环保局简任技正杨维修说，台北有2036间公厕，针对冲水顺畅的马桶，会贴上“将卫生纸丢入马桶”的宣导；至于可能堵塞的公厕，则会贴“卫生纸请勿丢马桶”标语。目前统计约有61％公厕可实施新政，其余要逐年编列经费改善。
环保局也会加强宣导，属于短纤的卫生纸可溶于水，面纸、擦手纸及卫生用品属于长纤，不能丢入马桶，盼能全面改变如厕文化，避免卫生纸与面纸混用。
教育局副局长洪哲义哲则说，校园厕所的堵塞多半不是因卫生纸，而是异物阻塞，将来也会逐步汰换老旧管线，新设管线会注意管路大小、水压等。
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